pacman の –overwrite オプションは滅多に使わないですが、パッケージが 壊れてしまったときなどには使うことがあります。

ただ、ワイルドカードがどのように解決されていて、ディレクトリを再帰的に 含めてくれるのか……などは分かっていません。

そういえば、昔は –force オプションなんかがあったような気がするのですが、 今見たらないようでした。なくなったんですかね?

–force にしろ –overwrite にしろ、上書き前にはそれぞれのファイルの状態を 確認しておきたいものです。私だったら、 ArchWiki を参照して paccheck --md5sum --quiet なんかで壊れていそうなファイルの 一覧を得て、それぞれのファイルを確認してから xargs なんかで overwrite するような気がします。

まあ時々再インストールしてあげるのもいいと思いますけどね。